分離純化某一特定蛋白質(zhì)的一般程序可以分為前處理、粗分離、精細(xì)分離三個(gè)步驟。

一、蛋白質(zhì)純化的前處理

分離純化某種蛋白質(zhì)，首先要把蛋白質(zhì)從原來的組織或細(xì)胞中以溶解的狀態(tài)釋放出來并保持原來的天然狀態(tài)，不丟失生物活性。
為此，動物材料應(yīng)先剔除結(jié)締組織和脂肪組織，種子材料應(yīng)先去殼甚至去種皮以免受單寧等物質(zhì)的污染，油料種子最好先用低沸點(diǎn)的有機(jī)溶劑如乙醚等脫脂。然后根據(jù)不同的情況，選擇適當(dāng)?shù)姆椒?，將組織和細(xì)胞破碎。
動物組織和細(xì)胞可用電動搗碎機(jī)或勻漿機(jī)破碎或用超聲波處理破碎。植物組織和細(xì)胞一般需要用石英砂或玻璃粉和適當(dāng)?shù)奶崛∫阂黄鹧心サ姆椒ɑ蛴美w維素酶處理也能達(dá)到目的。細(xì)菌細(xì)胞的破碎比較麻煩，破碎細(xì)菌細(xì)胞壁的常用方法有超聲波破碎，與砂研磨、高壓擠壓或溶菌酶處理等。
組織和細(xì)胞破碎后，選擇適當(dāng)?shù)木彌_液把所要的蛋白提取出來。細(xì)胞碎片等不溶物用離心或過濾的方法除去。
如果所要的蛋白主要集中在某一細(xì)胞組分，如細(xì)胞核、染色體、核糖體或可溶性細(xì)胞質(zhì)等，則可利用差速離心的方法將它們分開，收集該細(xì)胞組分作為下步純化的材料。如果碰上所要蛋白是與細(xì)胞膜或膜質(zhì)細(xì)胞器結(jié)合的，則必須利用超聲波或去污劑使膜結(jié)構(gòu)解聚，然后用適當(dāng)介質(zhì)提取。

二、蛋白質(zhì)純化的粗分離

當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)提取液（有時(shí)還雜有核酸、多糖之類）獲得后，選用一套適當(dāng)?shù)姆椒?，將所要的蛋白與其他雜蛋白分離開來。一般這一步的分離用超濾、鹽析、等電點(diǎn)沉淀和有機(jī)溶劑分級分離等方法。這些方法的特點(diǎn)是簡便、處理量大，既能除去大量雜質(zhì)，又能濃縮蛋白溶液。

三、蛋白質(zhì)純化的精細(xì)分離

樣品經(jīng)粗分級分離以后，一般體積較小，雜蛋白大部分已被除去。進(jìn)一步純化，一般使用層析法包括離子交換層析、親和層析、疏水層析以及分子篩等。必要時(shí)還可選擇電泳法，包括區(qū)帶電泳、等電點(diǎn)聚焦等作為最后的純化步驟。用于細(xì)分級分離的方法一般規(guī)模較小，但分辨率很高。
結(jié)晶是蛋白質(zhì)分離純化的最后步驟。盡管結(jié)晶過程并不能保證蛋白一定是均一的，但是只有某種蛋白在溶液中數(shù)量上占有優(yōu)勢時(shí)才能形成結(jié)晶。結(jié)晶過程本身也伴隨著一定程度的純化，而重結(jié)晶又可除去少量夾雜的蛋白。由于結(jié)晶過程中從未發(fā)現(xiàn)過變性蛋白，因此蛋白的結(jié)晶不僅是純度的一個(gè)標(biāo)志，也是斷定制品處于天然狀態(tài)的有力指標(biāo)。

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