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| 層析方法 | 親和層析 | 凝膠過濾層析 | 離子交換層析 | 疏水層析 |
| 分離機制 | 特異性親和 | 大小 | 電荷 | 疏水性 |
| 選擇性 | 非常高 | 中等 | 高 | 高→中等 |
| 載量 | 高 | 低 | 高 | 高 |
| 純化速度 | 中等 | 中等→低 | 高 | 高 |
| 生物相容性 | 好 | 非常好 | 好 | 中等→好 |
| 目標蛋白的得率 | 高 | 高 | 高 | 中等→高 |
| 捕獲濃縮階段 | +++ | + | +++ | +++ |
| 中間純化階段 | +++ | + | +++ | +++ |
| 精致純化階段 | ++ | +++ | +++ | + |
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